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Configuration

Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)

Evo 2 40B: 40B parameters; context extended to 1,048,576 tokens.

45 evaluations · 90 results

Overview

An explanatory profile has not yet been reviewed for this record.

Consult the linked sources for architecture or protocol details. Missing evidence is not evidence of a missing capability.

Evaluations and results

45 evaluations · 90 results. Different protocols are not a single leaderboard.

Sorted by AUPRC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs) (higher is better). The best value in each column is highlighted. Decimals are rounded for display; each value links to the printed value and its source.

Tested configurationProtocol and datasetAUPRC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA1 coding SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA1 intronic SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA1 noncoding SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA1 splice region SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA2 coding SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA2 noncoding SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels)AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants)AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding indels)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding microsatellite variants)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, far from splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, highly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, moderately conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, not conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, poorly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, far from splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, highly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, moderately conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, near splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, not conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, poorly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) non-SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding indels)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding microsatellite variants)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, far from splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, highly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, intergenic)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, moderately conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, near splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, not conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, poorly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, far from splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, highly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, intergenic)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, moderately conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, near splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, not conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, poorly conserved)AUPRC (zero-shot; SpliceVarDB 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUPRC (zero-shot; SpliceVarDB exonic SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 coding SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 intronic SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 noncoding SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 splice region SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA2 coding SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA2 noncoding SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels)AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants)AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar coding indels)AUROC (zero-shot; ClinVar coding microsatellite variants)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, far from splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, highly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, moderately conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, not conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, poorly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, far from splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, highly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, moderately conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, near splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, not conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, poorly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) non-SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding indels)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding microsatellite variants)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, far from splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, highly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, intergenic)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, moderately conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, near splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, not conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, poorly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, far from splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, highly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, intergenic)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, moderately conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, near splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, not conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, poorly conserved)AUROC (zero-shot; SpliceVarDB 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUROC (zero-shot; SpliceVarDB exonic SNVs)
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)0.677Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.901Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)Not reported0.572Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.843Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 intronic SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reported0.424Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.888Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reported0.903Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.974Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 splice region SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reported0.918Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.959Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.533Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.845Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA2 coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.333Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.768Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA2 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.786Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.91Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.995Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.983Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.987Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.982Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.95Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.97Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.952Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.904Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.812Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.842Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, far from splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.948Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.911Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, highly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.974Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.79Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, moderately conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.914Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.813Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, not conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.835Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.757Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, poorly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.889Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.82Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.889Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.841Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, far from splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.885Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.841Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, highly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.918Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.776Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, moderately conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.667Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.83Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, near splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.931Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.827Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, not conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.52Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.868Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
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Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.311Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.92Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.917Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.971Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.833Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.997Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, far from splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.744Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.923Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, highly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.974Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.949Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, intergenic classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.875Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.75Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, moderately conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.862Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.958Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, near splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.963Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.968Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, not conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.362Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.799Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, poorly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.498Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.893Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
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Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, highly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.994Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.965Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, intergenic classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.775Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.874Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, moderately conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.792Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.941Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, near splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.997Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.988Not reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, not conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.356Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.848Not reportedNot reportedNot reported
Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, poorly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.554Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.897Not reportedNot reported
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All 90 result rows with coverage, uncertainty and sources
Filter evaluations

Applied filters: All linked evaluations

Exact evaluated configurations and original reported results
Tested configurationProtocol and datasetFindingEvidence and details
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0.677 AUPRC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

Author-reported evaluation · Source checked
Methods, coverage and source

Evo 2 40B on BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-both-snv

Aggregation: Not reported

Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J614, row 614: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
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0.901 AUROC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

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Methods, coverage and source

Evo 2 40B on BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I614, row 614: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
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unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

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Methods, coverage and source

Evo 2 40B on BRCA1 coding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J615, row 615: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
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Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

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Evo 2 40B on BRCA1 coding SNVs (Evo 2 paper)

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Evo 2 40B on BRCA1 intronic SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J695, row 695: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Intronic', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
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Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

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Methods, coverage and source

Evo 2 40B on BRCA1 intronic SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-intronic-snv

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I695, row 695: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Intronic', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
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0.903 AUPRC (zero-shot; BRCA1 noncoding SNVs)
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Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

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Methods, coverage and source

Evo 2 40B on BRCA1 noncoding SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-noncoding-snv

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J616, row 616: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Noncoding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)
0.974 AUROC (zero-shot; BRCA1 noncoding SNVs)
unitless · higher

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Evo 2 40B on BRCA1 noncoding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I616, row 616: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Noncoding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 splice region SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)
0.918 AUPRC (zero-shot; BRCA1 splice region SNVs)
unitless · higher

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Evo 2 40B on BRCA1 splice region SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J680, row 680: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Splice region', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 splice region SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)
0.959 AUROC (zero-shot; BRCA1 splice region SNVs)
unitless · higher

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Evo 2 40B on BRCA1 splice region SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I680, row 680: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Splice region', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.533 AUPRC (zero-shot; BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
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Evo 2 40B on BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J563, row 563: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.845 AUROC (zero-shot; BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
unitless · higher

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Evo 2 40B on BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I563, row 563: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.333 AUPRC (zero-shot; BRCA2 coding SNVs)
unitless · higher

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Evo 2 40B on BRCA2 coding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J535, row 535: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.768 AUROC (zero-shot; BRCA2 coding SNVs)
unitless · higher

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Evo 2 40B on BRCA2 coding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I535, row 535: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.786 AUPRC (zero-shot; BRCA2 noncoding SNVs)
unitless · higher

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Evo 2 40B on BRCA2 noncoding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J548, row 548: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Noncoding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.91 AUROC (zero-shot; BRCA2 noncoding SNVs)
unitless · higher

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Evo 2 40B on BRCA2 noncoding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I548, row 548: Model 'Evo 2 40B', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Noncoding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.995 AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels)
unitless · higher

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Evo 2 40B on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J588, row 588: Model 'Evo 2 40B', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'Indel', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.983 AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels)
unitless · higher

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Evo 2 40B on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I588, row 588: Model 'Evo 2 40B', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'Indel', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.987 AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants)
unitless · higher

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Evo 2 40B on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J598, row 598: Model 'Evo 2 40B', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'Microsatellite', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.982 AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants)
unitless · higher

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Evo 2 40B on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I598, row 598: Model 'Evo 2 40B', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'Microsatellite', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.95 AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

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Evo 2 40B on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J576, row 576: Model 'Evo 2 40B', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.97 AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
unitless · higher

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Evo 2 40B on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I576, row 576: Model 'Evo 2 40B', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar coding indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.952 AUPRC (zero-shot; ClinVar coding indels)
unitless · higher

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Evo 2 40B on ClinVar coding indels (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J65, row 65: Model 'Evo 2 40B', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'Indel', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar coding indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.904 AUROC (zero-shot; ClinVar coding indels)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

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Evo 2 40B on ClinVar coding indels (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-clinvar-coding-indel

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I65, row 65: Model 'Evo 2 40B', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'Indel', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 2 40B (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar coding microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.812 AUPRC (zero-shot; ClinVar coding microsatellite variants)
unitless · higher

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Evo 2 40B on ClinVar coding microsatellite variants (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J92, row 92: Model 'Evo 2 40B', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'Microsatellite', Sub_category '', column 'AUPRC'

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foundation_model
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Evo 2 40B
foundation model eligible
true
parameters
40B parameters; context extended to 1,048,576 tokens (SI Supplementary Table 3)
source locator
Supplementary Data 1 column 'Model' ('Evo 2 40B'); SI A.1.4 and Supplementary Table 3 (page 3); Discussion
version
Evo 2 40B, 1M-token context after midtraining
access reuse
Released openly with training and inference code, data and parameters (Discussion)
missing metadata
checkpoint revision: reason: unreported
provenance note
Evo 2 40B as scored zero-shot by the Evo 2 authors on human variant effect benchmarks.
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