rewirebio.iobenchmarks
Configuration

Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)

Evo 1: Predecessor Evo model; checkpoint for variant scoring not stated.

45 evaluations · 90 results

Overview

An explanatory profile has not yet been reviewed for this record.

Consult the linked sources for architecture or protocol details. Missing evidence is not evidence of a missing capability.

Evaluations and results

45 evaluations · 90 results. Different protocols are not a single leaderboard.

Sorted by AUPRC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs) (higher is better). The best value in each column is highlighted. Decimals are rounded for display; each value links to the printed value and its source.

Tested configurationProtocol and datasetAUPRC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA1 coding SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA1 intronic SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA1 noncoding SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA1 splice region SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA2 coding SNVs)AUPRC (zero-shot; BRCA2 noncoding SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels)AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants)AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding indels)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding microsatellite variants)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, far from splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, highly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, moderately conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, not conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, poorly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, far from splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, highly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, moderately conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, near splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, not conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, poorly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar coding SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) non-SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) SNVs)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding indels)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding microsatellite variants)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, far from splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, highly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, intergenic)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, moderately conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, near splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, not conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, poorly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, far from splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, highly conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, intergenic)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, moderately conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, near splice site)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, not conserved)AUPRC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, poorly conserved)AUPRC (zero-shot; SpliceVarDB 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUPRC (zero-shot; SpliceVarDB exonic SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 coding SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 intronic SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 noncoding SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA1 splice region SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA2 coding SNVs)AUROC (zero-shot; BRCA2 noncoding SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels)AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants)AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar coding indels)AUROC (zero-shot; ClinVar coding microsatellite variants)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, far from splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, highly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, moderately conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, not conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding non-SNVs, poorly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, far from splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, highly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, moderately conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, near splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, not conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs, poorly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar coding SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) non-SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) SNVs)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding indels)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding microsatellite variants)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, far from splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, highly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, intergenic)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, moderately conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, near splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, not conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding non-SNVs, poorly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, far from splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, highly conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, intergenic)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, moderately conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, near splice site)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, not conserved)AUROC (zero-shot; ClinVar noncoding SNVs, poorly conserved)AUROC (zero-shot; SpliceVarDB 'Both' (coding and noncoding) SNVs)AUROC (zero-shot; SpliceVarDB exonic SNVs)
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)0.216Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.497Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)Not reported0.231Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.519Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 intronic SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reported0.024Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.465Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reported0.212Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.467Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA1 splice region SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reported0.403Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.462Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.228Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.54Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA2 coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.157Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.535Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot BRCA2 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.265Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.545Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.918Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.655Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.925Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.912Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.577Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.607Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.803Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.691Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.773Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.795Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, far from splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.778Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.687Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, highly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.943Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.526Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, moderately conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.706Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.532Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, not conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.564Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.529Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding non-SNVs, poorly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.546Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.547Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.732Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.56Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, far from splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.726Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.56Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, highly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.847Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.558Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, moderately conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.356Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.503Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, near splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.837Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.586Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, not conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.185Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.552Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar coding SNVs, poorly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.192Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.531Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) non-SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.032Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.545Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar low SpliceAI and Pangolin scores (both below 0.1) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.016Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.548Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.186Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.531Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.183Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.964Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, far from splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.05Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.534Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, highly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.778Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.569Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, intergenic classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.708Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.625Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, moderately conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.165Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.508Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, near splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.544Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.549Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, not conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.028Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.631Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding non-SNVs, poorly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.026Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.506Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, far from splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.02Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.528Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, highly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.897Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.531Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, intergenic classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.293Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.525Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, moderately conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.072Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.5Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, near splice site classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.834Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.551Not reportedNot reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, not conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.012Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.547Not reportedNot reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot ClinVar noncoding SNVs, poorly conserved classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.022Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.527Not reportedNot reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot SpliceVarDB 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), SpliceVarDB experimentally validated splice variants (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.621Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.534Not reported
Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)EvaluationZero-shot SpliceVarDB exonic SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1), SpliceVarDB experimentally validated splice variants (Brixi et al. 2026)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.414Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.558
All 90 result rows with coverage, uncertainty and sources
Filter evaluations

Applied filters: All linked evaluations

Exact evaluated configurations and original reported results
Tested configurationProtocol and datasetFindingEvidence and details
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)
0.216 AUPRC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

Author-reported evaluation · Source checked
Methods, coverage and source

Evo 1 on BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-both-snv

Aggregation: Not reported

Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J611, row 611: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)
0.497 AUROC (zero-shot; BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

Author-reported evaluation · Source checked
Methods, coverage and source

Evo 1 on BRCA1 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-both-snv

Aggregation: Not reported

Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I611, row 611: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
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0.231 AUPRC (zero-shot; BRCA1 coding SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

Author-reported evaluation · Source checked
Methods, coverage and source

Evo 1 on BRCA1 coding SNVs (Evo 2 paper)

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Aggregation: Not reported

Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J612, row 612: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
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0.519 AUROC (zero-shot; BRCA1 coding SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

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Methods, coverage and source

Evo 1 on BRCA1 coding SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-coding-snv

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I612, row 612: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
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0.024 AUPRC (zero-shot; BRCA1 intronic SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

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Methods, coverage and source

Evo 1 on BRCA1 intronic SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J696, row 696: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Intronic', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
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0.465 AUROC (zero-shot; BRCA1 intronic SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

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Evo 1 on BRCA1 intronic SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-intronic-snv

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I696, row 696: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Intronic', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)
0.212 AUPRC (zero-shot; BRCA1 noncoding SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

Author-reported evaluation · Source checked
Methods, coverage and source

Evo 1 on BRCA1 noncoding SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-noncoding-snv

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J613, row 613: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Noncoding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)
0.467 AUROC (zero-shot; BRCA1 noncoding SNVs)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

Author-reported evaluation · Source checked
Methods, coverage and source

Evo 1 on BRCA1 noncoding SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-noncoding-snv

Aggregation: Not reported

Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I613, row 613: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Noncoding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 splice region SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)
0.403 AUPRC (zero-shot; BRCA1 splice region SNVs)
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Evo 1 on BRCA1 splice region SNVs (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-brca1-splice-region-snv

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J681, row 681: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Splice region', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA1 splice region SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA1 saturation genome editing SNVs, Findlay et al. 2018 classes (Brixi et al. 2026)
0.462 AUROC (zero-shot; BRCA1 splice region SNVs)
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Evo 1 on BRCA1 splice region SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I681, row 681: Model 'Evo 1', Data 'BRCA1', Genomic_Feature 'Splice region', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.228 AUPRC (zero-shot; BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
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Evo 1 on BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J573, row 573: Model 'Evo 1', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.54 AUROC (zero-shot; BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
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Evo 1 on BRCA2 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I573, row 573: Model 'Evo 1', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.157 AUPRC (zero-shot; BRCA2 coding SNVs)
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Evo 1 on BRCA2 coding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J544, row 544: Model 'Evo 1', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 coding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.535 AUROC (zero-shot; BRCA2 coding SNVs)
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Evo 1 on BRCA2 coding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I544, row 544: Model 'Evo 1', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.265 AUPRC (zero-shot; BRCA2 noncoding SNVs)
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Evo 1 on BRCA2 noncoding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J559, row 559: Model 'Evo 1', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Noncoding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot BRCA2 noncoding SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: BRCA2 SNVs with functional classifications, Huang et al. 2025 (Brixi et al. 2026)
0.545 AUROC (zero-shot; BRCA2 noncoding SNVs)
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Evo 1 on BRCA2 noncoding SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I559, row 559: Model 'Evo 1', Data 'BRCA2', Genomic_Feature 'Noncoding', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.918 AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels)
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Evo 1 on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J595, row 595: Model 'Evo 1', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'Indel', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.655 AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels)
unitless · higher

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Evo 1 on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) indels (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I595, row 595: Model 'Evo 1', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'Indel', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.925 AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants)
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Evo 1 on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J601, row 601: Model 'Evo 1', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'Microsatellite', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.912 AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants)
unitless · higher

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Evo 1 on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) microsatellite variants (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I601, row 601: Model 'Evo 1', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'Microsatellite', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.577 AUPRC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
unitless · higher

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Evo 1 on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J585, row 585: Model 'Evo 1', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.607 AUROC (zero-shot; ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs)
unitless · higher

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Evo 1 on ClinVar 'Both' (coding and noncoding) SNVs (Evo 2 paper)

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I585, row 585: Model 'Evo 1', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Both', Variant_Type 'SNV', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar coding indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.803 AUPRC (zero-shot; ClinVar coding indels)
unitless · higher

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Evo 1 on ClinVar coding indels (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-clinvar-coding-indel

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J72, row 72: Model 'Evo 1', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'Indel', Sub_category '', column 'AUPRC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar coding indels classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.691 AUROC (zero-shot; ClinVar coding indels)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

Coverage: Not reported scored / Not reported eligible

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Methods, coverage and source

Evo 1 on ClinVar coding indels (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-clinvar-coding-indel

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Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell I72, row 72: Model 'Evo 1', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'Indel', Sub_category '', column 'AUROC'
Configuration: Evo 1 (Evo 2 paper variant effect evaluations)Protocol: Zero-shot ClinVar coding microsatellite variants classification (Evo 2 paper, Supplementary Data 1)
Dataset: ClinVar October 2024 release, filtered (Brixi et al. 2026)
0.773 AUPRC (zero-shot; ClinVar coding microsatellite variants)
unitless · higher

Uncertainty: Not reported by the source

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Methods, coverage and source

Evo 1 on ClinVar coding microsatellite variants (Evo 2 paper)

gfm-guides-20261014-evo2-brixi2026-protocol-clinvar-coding-microsatellite

Aggregation: Not reported

Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Data 1, human variant effect prediction results (Nature 2026); Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2: Supplementary Information (Nature 2026) · Supplementary Data 1 (sheet 'Sheet1') cell J95, row 95: Model 'Evo 1', Data 'ClinVar', Genomic_Feature 'Coding', Variant_Type 'Microsatellite', Sub_category '', column 'AUPRC'

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areas
dna-genomes
contexts
research
method types
foundation_model
reported name
Evo 1
foundation model eligible
true
parameters
Predecessor Evo model; checkpoint for variant scoring not stated
source locator
Supplementary Data 1 column 'Model' ('Evo 1'); SI A.3.12 (page 13)
missing metadata
access reuse: reason: unextracted; checkpoint revision: reason: unreported; version: reason: unreported; note: Checkpoint or release used for variant scoring not stated
provenance note
Evo 1 as scored zero-shot by the Evo 2 authors on human variant effect benchmarks.
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