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Configuration

Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)

Configuration of Chroma: Diffusion-based method, released 2023-11; run inside the Scaffold-Lab pipeline on shared hardware.

51 evaluations · 51 results

Overview

An explanatory profile has not yet been reviewed for this record.

Consult the linked sources for architecture or protocol details. Missing evidence is not evidence of a missing capability.

Evaluations and results

51 evaluations · 51 results. Different protocols are not a single leaderboard.

Dataset: Scaffold-Lab generated backbones (100 per length group)

Sorted by Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 100) (higher is better). The best value in each column is highlighted. Decimals are rounded for display; each value links to the printed value and its source.

Tested configurationProtocol and datasetDesignability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 100)Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 1000)Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 200)Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 300)Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 400)Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 50)Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 500)Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 600)Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 800)Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 100)Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 1000)Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 200)Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 300)Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 400)Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 50)Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 500)Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 600)Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 800)Rank (rank within the length group by mean TOPSIS relative closeness; Long group)Rank (rank within the length group by mean TOPSIS relative closeness; Medium group)Rank (rank within the length group by mean TOPSIS relative closeness; Short group)Runtime (average time taken to generate each backbone over 100 backbones per group, on identical hardware; length 100)Runtime (average time taken to generate each backbone over 100 backbones per group, on identical hardware; length 1000)Runtime (average time taken to generate each backbone over 100 backbones per group, on identical hardware; length 200)Runtime (average time taken to generate each backbone over 100 backbones per group, on identical hardware; length 300)Runtime (average time taken to generate each backbone over 100 backbones per group, on identical hardware; length 400)Runtime (average time taken to generate each backbone over 100 backbones per group, on identical hardware; length 50)Runtime (average time taken to generate each backbone over 100 backbones per group, on identical hardware; length 500)Runtime (average time taken to generate each backbone over 100 backbones per group, on identical hardware; length 600)Runtime (average time taken to generate each backbone over 100 backbones per group, on identical hardware; length 800)TM score (novelty as the pdb-TM of designable backbones against the PDB (lower is more novel); group mean without data preprocessing; length 100)TM score (novelty as the pdb-TM of designable backbones against the PDB (lower is more novel); group mean without data preprocessing; length 1000)TM score (novelty as the pdb-TM of designable backbones against the PDB (lower is more novel); group mean without data preprocessing; length 200)TM score (novelty as the pdb-TM of designable backbones against the PDB (lower is more novel); group mean without data preprocessing; length 300)TM score (novelty as the pdb-TM of designable backbones against the PDB (lower is more novel); group mean without data preprocessing; length 400)TM score (novelty as the pdb-TM of designable backbones against the PDB (lower is more novel); group mean without data preprocessing; length 50)TM score (novelty as the pdb-TM of designable backbones against the PDB (lower is more novel); group mean without data preprocessing; length 500)TM score (novelty as the pdb-TM of designable backbones against the PDB (lower is more novel); group mean without data preprocessing; length 600)TM score (novelty as the pdb-TM of designable backbones against the PDB (lower is more novel); group mean without data preprocessing; length 800)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, mean over the lengths in the group; Long group)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, mean over the lengths in the group; Medium group)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, mean over the lengths in the group; Short group)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, per length; length 100)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, per length; length 1000)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, per length; length 200)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, per length; length 300)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, per length; length 400)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, per length; length 50)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, per length; length 500)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, per length; length 600)Topsis relative closeness (TOPSIS relative closeness with CRITIC weights, per length; length 800)
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)0.763Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.222Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.516Not reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.325
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.275Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.398Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.262Not reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.249Not reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.437Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.368Not reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)Not reported0.427Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.432Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.434Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)Not reportedNot reported0.76Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)Not reportedNot reportedNot reported0.684Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reported0.545Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.48Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.691Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.7Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.88Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.84Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.48Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.67Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.74Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.84Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.66Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.54Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Efficiency (↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported24.7Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Efficiency (↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported12.2Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Efficiency (↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported19.3Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Efficiency (↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported4.68Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Efficiency (↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported5.73Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Efficiency (↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported6.92Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Efficiency (↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported8.56Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Efficiency (↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported2.73Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Efficiency (↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported1.17Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Mean CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.354Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Mean CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.296Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Mean CiNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.403Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Novelty(↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.742Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Novelty(↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.733Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Novelty(↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.746Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Novelty(↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.676Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Novelty(↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.637Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Novelty(↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.668Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Novelty(↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.685Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Novelty(↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.682Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: Novelty(↓)Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported0.715Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: RankNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported2Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: RankNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported3Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)EvaluationScaffold-Lab unconditional generation: RankNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported3Not reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reportedNot reported
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Applied filters: All linked evaluations

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Chroma Ci on Scaffold-Lab unconditional generation, length 100

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Chroma Ci on Scaffold-Lab unconditional generation, length 50

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Chroma Designability(↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 1000

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0.432 Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 600)
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Chroma Designability(↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 600

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Long' / 'Chroma' / length 600, column 'Designability(↑)'
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0.434 Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 800)
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Chroma Designability(↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 800

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Long' / 'Chroma' / length 800, column 'Designability(↑)'
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0.76 Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 200)
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Chroma Designability(↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 200

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Chroma Designability(↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 300

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Medium' / 'Chroma' / length 300, column 'Designability(↑)'
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0.545 Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 400)
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Chroma Designability(↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 400

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Medium' / 'Chroma' / length 400, column 'Designability(↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)
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0.48 Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 500)
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Chroma Designability(↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 500

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Medium' / 'Chroma' / length 500, column 'Designability(↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)
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0.763 Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 100)
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Chroma Designability(↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 100

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Short' / 'Chroma' / length 100, column 'Designability(↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Designability(↑)
Dataset: Scaffold-Lab generated backbones (100 per length group)
0.691 Designability (Table 3 'Designability' column, printed as a group mean without data preprocessing; the Metrics section counts a backbone as designable when the mean sc-TM of its top 3 ProteinMPNN sequences refolded with ESMFold exceeds 0.5 (equation 1); the table does not state whether the value is the share of designable backbones or a mean sc-TM; not comparable with the 2 Angstrom sc-RMSD criterion in the concept definition; length 50)
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Chroma Designability(↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 50

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Short' / 'Chroma' / length 50, column 'Designability(↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)
Dataset: Scaffold-Lab generated backbones (100 per length group)
0.7 Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 1000)
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Chroma Diversity (↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 1000

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Long' / 'Chroma' / length 1000, column 'Diversity (↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)
Dataset: Scaffold-Lab generated backbones (100 per length group)
0.88 Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 600)
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Chroma Diversity (↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 600

lit-structure-20261011-scaffoldlab-protocol-diversity

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Long' / 'Chroma' / length 600, column 'Diversity (↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)
Dataset: Scaffold-Lab generated backbones (100 per length group)
0.84 Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 800)
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Chroma Diversity (↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 800

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Long' / 'Chroma' / length 800, column 'Diversity (↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)
Dataset: Scaffold-Lab generated backbones (100 per length group)
0.48 Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 200)
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Chroma Diversity (↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 200

lit-structure-20261011-scaffoldlab-protocol-diversity

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Medium' / 'Chroma' / length 200, column 'Diversity (↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)
Dataset: Scaffold-Lab generated backbones (100 per length group)
0.67 Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 300)
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Chroma Diversity (↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 300

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Medium' / 'Chroma' / length 300, column 'Diversity (↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)
Dataset: Scaffold-Lab generated backbones (100 per length group)
0.74 Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 400)
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Chroma Diversity (↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 400

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Scaffold-Lab: Critical evaluation and ranking of protein backbone generation methods in a unified framework · Table 3, row 'Medium' / 'Chroma' / length 400, column 'Diversity (↑)'
Configuration: Chroma (Scaffold-Lab unconditional generation)Protocol: Scaffold-Lab unconditional generation: Diversity (↑)
Dataset: Scaffold-Lab generated backbones (100 per length group)
0.84 Proportion (unique Foldseek-Cluster clusters divided by the number of backbones in the group, clustering TM-score threshold 0.5; group mean without data preprocessing; length 500)
fraction · higher

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Chroma Diversity (↑) on Scaffold-Lab unconditional generation, length 500

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Technical metadata and extraction receipts

Stable ID: lit-structure-20261011-scaffoldlab-config-chroma

areas
protein-structure
contexts
research
method types
specialist
reported name
Chroma
reported configuration
Diffusion-based method, released 2023-11; run inside the Scaffold-Lab pipeline on shared hardware
source locator
Table 1, row 'Chroma'; Table 3 row labels
missing metadata
version: reason: unreported; note: Table 1 gives the repository and release date, not a version
provenance note
Chroma as run in the Scaffold-Lab unconditional generation benchmark, with ProteinMPNN sequence design and ESMFold refolding.
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